L’immunologie fondamentale étudie la façon dont les organismes, y compris les plantes, se défendent contre les agents pathogènes (bactéries, virus, champignons). Elle repose sur deux grands types de réponses immunitaires : l’immunité innée et l’immunité adaptative. L’immunité innée est immédiate et non spécifique. Elle comprend des barrières physiques, comme les épiderme et muqueuses, et des cellules de défense, telles que les macrophages et neutrophiles, qui reconnaissent des motifs moléculaires associés aux pathogènes. L’immunité adaptative, qui se développe plus lentement, est spécifique et implique des lymphocytes T et B. Ces derniers permettent une réponse ciblée, par la production d'anticorps ou l'élimination des cellules infectées, et la formation de mémoire immunitaire.

En agronomie, l’immunologie des plantes est primordiale pour comprendre comment les végétaux se défendent contre les infections. Contrairement aux animaux, les plantes ne possèdent pas de système immunitaire adaptatif mais disposent d’un système d’immunité innée qui reconnaît des motifs moléculaires spécifiques des pathogènes.

Les interactions entre les agents pathogènes et les plantes peuvent être modifiées par des facteurs environnementaux et des pratiques agricoles, rendant l’étude de l’immunité végétale essentielle pour développer des stratégies de protection contre les maladies des plantes.